DiiPSの使用方法

はじめに

DiiPS（Digital Information of iPS Cells）は、疾患特異的 iPS 細胞の分化傾向を可視化し、比較評価できる研究者向けのデータベースです。パターニング培養をはじめとするオミックス解析による分化傾向解析データを基に、各疾患由来 iPS 細胞がどの細胞型に分化しやすいかを示しています。これにより、疾患モデル研究や再生医療研究において、最適な細胞株の選定や実験計画の立案を支援します。このデータベースに掲載されている iPS 細胞株は、理化学研究所バイオリソース研究センター細胞バンクから入手可能です。

使用方法

トップページ

(https://diips.brc.riken.jp/ja)

メニューヘッダ部分

"Home" トップページに遷移します。
"About" 本ソフトウェアについて説明します。
"Menu" 本ソフトウェアのマニュアル（本文書）です。
バナーから、理研BRC 細胞材料開発室、または理研BRCにリンクしています。
画面右上の切り替えボタンにて、言語を日本語か英語に切り替えできます。

Analysis List：解析の一覧

DiiPSソフトウェアにおけるiPSCの多能性の可視化は、各検証実験の結果に基づいています。トップページの「解析リスト」では、評価に使用された実験のいずれかを選択し、多能性の可視化画面（ヒートマップ画面）に移動することができます。

多能性の可視化画面

多能性の可視化画面（ヒートマップ画面）は、各iPS細胞の情報（リスト部分：左側）とオミックス解析に基づいて算出したモジュール（発現パターンが似た遺伝子群）のヒートマップ部分：右側　で構成されています。この画面では、各細胞の特徴や多能性の違いを一目で確認することができます。さらに、さまざまなフィルタリング操作も可能です。

リスト部分の操作説明

細胞詳細画面を開く

「Cell ID」列のID文字列をクリックすると、その細胞の詳細画面が開きます。詳細画面の説明・操作方法は細胞の詳細情報セクションを参照してください。

BRC細胞カタログへのリンクを開く

Cell IDの横にある青い矢印をクリックすると、BRC細胞カタログが新しいウィンドウで開き、クリックした細胞の詳細情報を確認できます。細胞の提供に関する情報も掲載されています。

列ごとのフィルタリング

各列のフィルターアイコン（じょうごの形）をクリックすると、テキスト入力画面が表示され、フィルタリングが可能になります。

AND／OR検索条件の切り替え

複数のフィルタリング条件を適用する際は、ヒートマップヘッダー右上のAND／ORアイコンを使って、AND検索とOR検索を切り替えることができます。

ヒートマップ部分の操作説明

ヒートマップ部分では、オミックス解析に基づく細胞の性質を「モジュール」として要約して表示しています。モジュールとは、一緒に発現変動する、あるいは同じ生物学的機能に関わる遺伝子群をひとまとまりの機能単位としてまとめたものです。（下の例では、Ectoderm, Emergent mosoderm, EPI, Nascent mesoderm, Amnioonic and embruyonic ectodermの６つのモジュールで細胞の特性を示しています。）モジュールの種類および数は解析によって異なります。水平な点線は類似した特性を持つ細胞クラスタの境界を示します。

ヒートマップ部分は、左側の円で表示する部分と、右側の全体表示部分に分かれています。左側部分はリストと連動し、スクロールします。右側部分は常に全体が表示されます。円の大きさ（指標１）および色（指標２）が具体的にどのような指標を示すかは解析によって異なりますが、下部分の凡例にその基準とともに示されています。（下の例では、円の大きさ：指標１がNumber of single cells, 色：指標２がExpression rateを示しています。）解析によっては、指標が１つしかない場合がありますが、その場合は円の大きさが一定となり、凡例は色のみの表示となります。